辽以前成村。因地处由北京沿太行山东麓南下中原的古代交通大道上，故名旧店。后因隋末农民起义军领袖窦建德曾在村西筑城屯兵，故更名窦店。位于房山区东部。1983年设村民委员会，辖窦店、窦店墩台、小白草洼3个自然村，村民有回族、满族、壮族、汉族。先祖从何处搬迁至此，无考。地处平原，村址海拔38米。村中土壤以潮土、褐土为主。产玉米、小麦，1988年粮食亩产量725公斤，总产量319万公斤，已从种到收实现机械化。有幼儿园、小学、中学各1所。自然村西有古城遗址一座，为汉良乡县故城。城址内曾出土陶器、箭头等文物。村中原有1座清真寺，上世纪六十年代后期已毁坏。1995年、2003年分两次重建。隋末农民起义军领袖窦建德曾率兵屯住窦店。抗日战争期间，平西抗日游击队常出没于这一带铁路线上，打击敌人。上世纪七十年代平整土地，实现百亩一井，铺设地下灌溉管道1.6万米，全部实现喷灌。2007年窦店村农村经济总收入实现5.4亿元，人均纯收入实现11689元，上缴国家税金2627万元。有企业39家，已形成生物制药、汽车制造销售、肉牛产业化和新兴工业四大产业集群。新农村建设建住宅楼94栋，47万平方米。窦店村沼气站作为窦店村2008年社会主义新农村建设的重点项目，前后投资600万元，现已建成并投入使用，使广大村民使用上了清洁的新能源。治理了村中历史上形成的两条长3000多米的排水沟，形成雨污分流，全封闭的地下排水沟，建成了全村的地下污水管网；建起了5000吨、10000吨两个水厂；拓宽、改造了街中心的三条公路，全长3300米，道路柏油路面宽达12—15米，设置了人行步道，完善了两侧的绿化和路灯；对全村大小胡同全部进行了硬化。

窦店村与亚新社区、芦村村、金鑫苑社区、板桥村、七里店村、田园村、望楚村、于庄村、苏村村、白草洼村、西安庄村、瓦窑头村、下坡店村、河口村相邻。

2021年10月，农业农村部遴选推介窦店村为2021年全国乡村特色产业亿元村。

2021年1月，北京市应急管理局命名窦店村为“2020年度北京市综合减灾示范社区”。

2020年11月，农业农村部推介窦店村为2020年全国乡村特色产业亿元村。

2015年2月，中央文明委决定授予窦店村第四届全国文明村镇称号。

2014年9月，窦店村入选首批中国少数民族特色村寨命名挂牌名单。

2014年7月，农业部认定窦店村为第四批全国一村一品示范村镇（窦店肉牛）。

窦店村附近有周口店北京人遗址、石花洞风景名胜区、七渡花果山、圣莲山风景区、房山十渡、东湖港等旅游景点，有上方山香椿、房山磨盘柿、北京补花、张坊磨盘柿、京绣、金北联红小豆等特产。